В 2024 году мир будет потрясен открытием секретной организации "ГОН". Агенты случайно обнаружили старый файл с загадочным названием - "Проект Тень". Никто не мог подумать, что за этим таится создание безумного ученого доктора Роботника - Шэдоу. Это был человекоподобный гибрид ежа и внеземного вида BlackArms, созданный на основе ДНК космического предводителя Блэка Дума.
Жестокая раса, которой управляет Шэдоу, целила в поглощение жизни на всех планетах. И это удивительное свойство привлекло внимание профессора. Шэдоу стал финальным пазлом в многоуровневом проекте "Соник 3", а целью эксперимента было разработать инновационный препарат, способный излечить смертельные болезни.
Но вскоре выяснилось, что "высшая форма жизни" оказалась заносчивым и злобным ежом с невероятной силой. Он был уверен, что на всей вселенной нет соперника, который мог бы победить его. Правительство объявило исследование опасным для людей из-за агрессии и жестокости Эггмана.
Уникальный экземпляр Шэдоу был схвачен и помещен в стазисную оболочку для нейтрализации. Но спустя полвека капсула открылась, и на свет появился черно-красный еж - темная версия жизнерадостного Соника. Он был готов разрушить все на своем пути и доказать, что он является самым могущественным созданием во всей вселенной.